无尘车间净化分为生物洁净室和非生物洁净室两种。生物洁净室空气净化系统必须连续运转;非生物洁净室使用前空气净化系统应提前4小时开启。检测尘埃粒子用尘埃粒子计数器，在环境卫生清洁后缓冲0.5～1小时之后进行，为避免人为造成的污染，静态测试时洁净室内仅限两人。注射剂的生产过程中应对关键控制点进行动态。
微生物含量的控制。控制洁净室环境中的微生物含量仍然是靠良好的空气净化系统设施，其过滤效率可以达到99.9%～99.99%地滤除空气中的菌和尘埃。生产中洁净室内温度严格控制在18～26℃、相对湿度控制在45%～65%，以破坏有利于的生长条件，加之消毒液的清洁消毒，环境控制效果令人满意。关于日常消毒液消毒，每天生产结束后，用75%乙醇或2‰新洁尔灭溶液擦拭机台、桌面、门窗、墙壁等，用3%～5%的来苏儿对地面擦拭消毒。
每3天生产结束后，用75%乙醇或2‰新洁尔灭溶液对洁净室内所有设施表面及顶棚、照明等表面进行擦拭消毒， 3%～5%的来苏儿对地面进行消毒，目的是杀死因生产过程中产生的繁殖体，控制洁净室内微生物含量。这些措施仅能控制洁净室内空气中的菌量及杂菌种类，如果霉菌较多，净化车间施工，就要先用5%石碳酸喷洒室内，然后用甲醛熏蒸才能达到无菌效果，而且只有这样才能杀死菌、杂菌芽孢。每个生产周期结束，下个周期生产前对有无菌要求的洁净室先进行消毒液消毒，检测洁净室内尘埃粒子数符合规定后，再对洁净室内进行甲醛气体熏蒸，从长期检测的结果来看，这种环境灭菌方法效果很好。
现如今，洁净技术已广泛应用于各行各业的工业产品生产或其他要求防止粒子污染、微生物污染的环境控制，由于各行业的产品特性不同、各个产品的生产工艺流程不相同，使用要求不一样，因此要求控制环境的内容、指标均不会相同。所谓无尘车间的环境控制的内容应该包括：空气净化、洁净建筑、与产品直接接触的水或气体或化学品和生产设备、工器具等的污染物控制以及微振动、噪声、静电的控制、防止等。
所以无尘车间的设计不仅要求对室内的空气进行净化达到规定的空气洁净度等级，还必须防止因无尘车间的建造用材料、装饰方式不当带来的污染，有的无尘车间还要求供给纯水、超纯气体和高纯的化学品等。
无尘车间工程主要包括无尘车间设计、施工和运行管理前后相关的三个环节。质量源于设计，设计是核心。而净化工程的施工又区别于一般的建筑工程，包括围护结构(俗称“房中房”)；空调净化系统；供电、自控、弱电系统；纯水、特气、物料供应系统；废气、废水处理系统及相关设施。运行管理包括：实时检测，人员培训，设备维护，以保证受控的生产科研环境持续符合要求。
三个环节涵盖了空态、静态、动态三个占有状态；环境受控又融合了风险评估、生产认证的概念和程序；加之洁净技术跨行业、跨专业、跨学科的特点：使之无尘车间工程的难度和复杂性增加。因此对于无尘车间工程行业来说，优化设计、现场施工环境的协调与管控、工程相关技术细节的经验积累，对客户需求的理解和实现，以及对设计变更的准备和响应程度等都是衡量无尘车间施工团队能力的重要指标。
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